AssetBundleでしか参照しないコードが存在し、iOSビルドの設定のStrip Engine CodeがONの場合、AssetBundleからGameObjectを取得しようとした際に、PersistentManager.cppでEXC_BAD_ACCESSの例外が飛びます。対策としては、Strip Engine CodeをOFFにするとよいようです。