AssetBundleに敵のモデルのPrefabを入れてロードした場合、iOSの実機では動きますが、EditorではShaderがMissingになり、黒くなったり、ピンクになったりします。

本質的には、iOS向けに書き出したAssetBundleに含まれるコンパイル済みシェーダが、EDITORに対応していないのが問題なのですが、AssetBundleをEDITOR向けに書き出すのはコストが高いです。

そこで、We're looking for feedback on the artist features in the 2017.1 beta, help us out by filling outを参考に、以下のスクリプトでシェーダを当て直すとよいようです。GetComponentsInChildrenにtrueを入れることで、非アクティブのオブジェクトにも適用するように修正しています。

using UnityEngine;
using System.Collections;
 
 
public class ReApplyShaders : MonoBehaviour
{
    public Renderer[] renderers;
    public Material[] materials;
    public string[] shaders;
 
    void Awake()
    {
        renderers = GetComponentsInChildren(true);
    }
 
    void Start ()
    {
        foreach(var rend in renderers)
        {
            materials = rend.sharedMaterials;
            shaders =  new string[materials.Length];
 
            for( int i = 0; i < materials.Length; i++)
            {
                shaders[i] = materials[i].shader.name;
            }        
 
            for( int i = 0; i < materials.Length; i++)
            {
                materials[i].shader = Shader.Find(shaders[i]);
            }
        }
    }
}