Unity 5.5.3f1で、インデックスPNGを使用すると、アルファ値が正しく取得できず、不透過のPNGとして扱われるようです。インデックスPNGは使用しない方がよさそうです。

Unity Cloud Buildでは、テクスチャのキャッシュが使用されるため、Unity 5.5.3fに切り替わった直後には気が付かず、キャッシュクリアされたReimportされた後に、問題が発生するため、Unity 5.5.3fが原因かの切り分けが難しくなっています。

尚、Unity 5.5.3p1で治っているようです。

(891365) - TextureImporter: Fixed a bug with some types of PNG files caused the texture importer to not detect the alpha channel properly. (Please re-import the affected assets to fix them.)

https://unity3d.com/jp/unity/qa/patch-releases

ただし、Unity 5.5.3p1はまだUnity Cloud Buildで使えないようです。