iOS9に上げると、AppEngineのjsのGETリクエストのレイテンシが30秒になってしまいました。

ワークアラウンドとしては、以下のように、jsのドメインを別のドメインにする必要があります。独自ドメインを使用している場合は、規定で割り当てられる、appspot.comを流用できるかと思います。

変更前
script src="/javascript/categoryScript.js">

変更後
script src="yourid.appspot.com/javascript/categoryScript.js">


モバイルSafariの通信を、Safariでプロファイルすると、以下のようにレイテンシが30secになっています。

masonry_latency

同じ通信をAppEngineサイドから。最初のGETリクエストはAppEngineのログには残っておらず、30sec後の最後のリクエストだけが残っています。成功したリクエストはHTTP1.1ですね。

masonry2

最初は、iOS9から対応したHTTP2で、AppEngineとプロトコルの齟齬が発生しているんじゃないかなと推測していたのですが、AppEngineはhttpsでないとHTTP2で通信しないようです。HTTP2 and SPDY Indicatorでも、HTTP1.1となっていたので、HTTP2が問題ではなさそうです。